Структура центрального аппарата Ростехнадзора включает в себя руководство Ростехнадзора (руководитель, статс-секретарь — заместитель руководителя, заместители руководителя), помощников, советников руководителя и структурные подразделения — управления. В управлениях центрального аппарата Ростехнадзора образуются отделы: административное управление; управление обеспечения организационно-контрольной и лицензионно-разрешительной деятельности; финансовое управление; управление государственной экологической экспертизы и администрирования платежей; управление по регулированию безопасности атомных станций и исследовательских ядерных установок; управление по регулированию безопасности объектов ядерного топливного цикла, ядерных энергетических установок судов и радиационно опасных объектов, надзору за учетом и контролем ядерных материалов и радиоактивных веществ их физической защитой; управление по надзору в горной, металлургической и нефтегазодобывающей промышленности; управление по надзору за взрывопожароопасными и химически опасными объектами; управление строительного и общепромышленного надзора; управление энергетического надзора; правовое управление; управление международного сотрудничества и протокола; отдел по защите государственной тайны, организации мероприятий по мобилизационной подготовке и мобилизации. Руководитель Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору: 1) распределяет обязанности между своими заместителями; 2) представляет Министру природных ресурсов и экологии Российской Федерации:  проект положения о Ростехнадзоре;  предложения о предельной численности и фонде оплаты труда работников центрального аппарата и территориальных органов Ростехнадзора;  предложения о назначении на должность и освобождении от должности заместителей руководителя Ростехнадзора;  проект ежегодного плана и прогнозные показатели деятельности Ростехнадзора, а также отчет об их исполнении;  предложения о назначении на должность и об освобождении от должности руководителей территориальных органов Ростехнадзора;  предложения по формированию проекта федерального бюджета в части финансового обеспечения деятельности Ростехнадзора;  предложения о присвоении почетных званий и представлении к награждению государственными наградами Российской Федерации, Почетной грамотой Президента Российской Федерации, к поощрению в виде объявления благодарности Президента Российской Федерации работникам центрального аппарата Ростехнадзора, ее территориальных органов и подведомственных организаций, а также других лиц, осуществляющих деятельность в установленной сфере; 3) назначает на должность и освобождает от должности работников центрального аппарата Ростехнадзора и заместителей руководителей территориальных органов Ростехнадзора; 4) решает в соответствии с законодательством Российской Федерации о государственной службе вопросы, связанные с прохождением федеральной государственной службы в Федеральной службе по экологическому, технологическому и атомному надзору; 5) утверждает структуру и штатное расписание центрального аппарата Ростехнадзора в пределах установленных Правительством Российской Федерации фонда оплаты труда и численности работников, смету расходов на содержание центрального аппарата Ростехнадзора в пределах утвержденных на соответствующий период ассигнований, предусмотренных в федеральном бюджете; 6) утверждает структуру, численность и фонд оплаты труда работников территориальных органов Ростехнадзора в пределах показателей, установленных Правительством Российской Федерации, а также смету расходов на их содержание в пределах утвержденных на соответствующий период ассигнований, предусмотренных в федеральном бюджете; 7) на основании и во исполнение Конституции Российской Федерации, федеральных конституционных законов, федеральных законов, актов Президента Российской Федерации, Правительства Российской Федерации и Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации издает приказы по вопросам, отнесенным к компетенции Ростехнадзора.

Финансирование расходов на содержание центрального аппарата Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору, ее территориальных органов и иных подведомственных организаций осуществляется за счет средств, предусмотренных в федеральном бюджете.